En kvinna och ett barn mördas. Detta blir startskottet på ett fängslande drama, där kommissarie Gunnar Hall och hans poliskollegor bedriver en intensiv jakt för att hitta den eller de som ligger bakom. Morden på Skeppsholmen visar sig ha många förgreningar och kommissarie Hall, tillsammans med sin kollega Brink, letar febrilt efter kopplingar mellan morden.

Fallet visar sig ytterst svårlöst, en rad till synes oförklarliga händelser försvårar spaningsarbetet. Morden på Skeppsholmen är en fristående fortsättning på den första boken om kommissarie Gunnar Hall, Damen bakom slöjan.