Karl har börjat skolan i Krabbsjögrund. Han har fått nya kompisar, och trivs rätt bra. Nu är det jullov och på nyårsafton ska man fira Krabbsjögrunds 500 årsjubileum. Men Karl anar att någonting inte är som det ska i stan. Något mystiskt pågår i träsket bortom kolerakyrkogården om nätterna.

Samtidigt drar Karls vän Sara sig undan och uppträder konstigt. Vad är det som håller på att hända med henne? Och vem är det som ser till att Kapten Svarteks grav alltid är så välskött? Kapten Svarteks grav är andra delen i serien om spökerierna i Krabbsjögrund.